Нужно ли вручную назначать стемы каналам Atmos?

Нет. Маршрутизация автоматическая: стемы и слои реверберации распознаются и направляются в соответствующие позиции Atmos без ручного назначения.

Качество источника зависит от вас: более чистые стемы из разделения обычно дают более чистый экспорт Atmos.